O MAPA, ao considerar a extensão continental do território brasileiro, as particularidades concernentes à produção aquícola e pesqueira e a diversidade de atividades pertinentes entre as diferentes regiões do país, percebeu que precisava atuar de maneira capilarizada. Por essa razão, a RENAQUA foi concebida para dispor de uma estrutura organizada em rede, na qual as unidades laboratoriais são distribuídas regionalmente e respondem por demandas e rotinas locais e regionais. A RENAQUA conta com quatro laboratórios em diferentes fases de implantação. Um deles é designado a atuar como laboratório oficial central (AQUACEN) e os demais como laboratórios oficiais (LAQUAs). Eles estão localizados nas seguintes instituições:

– Universidade Federal de Minas Gerais – UFMG: abriga o laboratório central dedicado à saúde animal. Este é o laboratório que desenvolve, valida e implementa na rede de laboratórios os diagnósticos oficiais de doenças de animais aquáticos, além de ser o auditor central.

– Universidade Estadual do Maranhão – UEMA: abriga o laboratório dedicado ao diagnóstico de doenças de crustáceos.

– Companhia Integrada de Desenvolvimento Agrícola de Santa Catarina – CIDASC: abriga o laboratório de diagnóstico de doenças de animais aquáticos.

– Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Santa Catarina – IFSC: abriga o laboratório de análises de biotoxinas marinhas.