O atual escopo analítico da RENAQUA conta com 49 diferentes metodologias validadas.

Dentre elas encontram-se os métodos para diagnóstico de 27 doenças classificadas como de notificação obrigatória pela Organização Mundial de Saúde Animal (OIE), sendo oito doenças de crustáceos, sete doenças de moluscos, dez doenças de peixes e duas de anfíbios. As metodologias empregadas para a detecção dessas doenças correspondem às descritas no Manual de Testes de Diagnóstico para Animais Aquáticos da OIE.

Além disso, foram validadas metodologias para o diagnóstico de 22 doenças consideradas relevantes para a produção aquícola e pesqueira nacional. E três metodologias para a detecção de biotoxinas marinhas com impacto relevante à saúde pública.